在刑事诉讼中，赃款的认定是 由人民法院进行的。具体来说，根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，包括赃款赃物，都应当予以追缴或者责令退赔。在审判阶段，这一职责由人民法院承担，刑事判决生效后，如果赃款尚未追缴到位，会由刑事审判机构移送执行机构依法强制执行。
此外，虽然公安机关有权在侦查阶段对赃款赃物进行初步认定和处理，但最终的认定权在人民法院。公安机关主要负责收集证据和调查事实，确定赃款赃物的性质和价值，并将相关证据和物品随案移送至法院。
因此，赃款的最终认定权在人民法院，这是司法程序中的一个重要环节，确保了司法公正和法律的正确实施。
